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Les déjections animales représentent l'un des substrats les plus abondants et accessibles pour la production de biogaz à l'échelle mondiale. Lorsque le fumier ou le lisier est introduit dans un digesteur anaérobie sans oxygène, l'activité bactérienne qui se produit naturellement dans le système digestif de l'animal se poursuit à l'extérieur, décomposant les composés organiques et libérant du méthane (CH₄) et du dioxyde de carbone (CO₂) comme principaux produits gazeux finaux.
Le fumier – qu'il provienne de bovins, de porcs, de volailles ou d'autres animaux d'élevage – est stocké dans des lisiers ou des lagunes qui limitent naturellement l'entrée d'oxygène, le préconditionnant ainsi pour la digestion anaérobie. La teneur en ammoniac peut être gérée par dilution avec de l'eau avant la digestion. Le préchauffage du fumier accélère le processus de digestion et augmente le rendement en gaz. Les temps de rétention dépendent du type d'animal : le lisier de porc nécessite généralement 7 à 10 jours ; le fumier de bovins 20 à 30 jours.
Dans une ferme laitière ou porcine de taille moyenne, un digesteur à alimentation continue peut générer suffisamment d'électricité pour alimenter l'ensemble de l'exploitation agricole – et souvent un surplus qui peut être revendu au réseau. Le digestat est un excellent biofertilisant, surpassant souvent le fumier brut en termes de rendement des cultures. Les coûts de gestion du fumier – y compris le transport et le stockage – sont considérablement réduits.
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